故事發生在戰國時代。出生於普通忍者家庭的豬名寺 亂太郎為不負父母的厚望成為精英忍者而進入學忍術學校。在那裡認識了富商的兒子福富 しんべヱ和戰爭中喪失父母的攝津の きり丸，併成為好友，組成了「三人組」。每集內容主要講述三位「忍蛋」（小忍者）在忍者學校所發生的趣事。電視系列劇曾先後在中國大陸、台灣、香港播映。忍術學校的目的是培養小忍者。在忍術學校裡有不同學科的教授，性格各異的老師 ，高年級的天才忍者，女忍者，還有忍犬ヘムヘム，古怪的校長大川 平次 渦正，非常之熱鬧！亂太郎們三人組在上課和考試中常常失敗，並且總是在問為什麼，但他們仍堅持著並立志成為一流的出色忍者。忍術學校的校長的變幻無常，總是作出奇奇怪怪的決定，因而發生了許多有趣的故事，亂太郎等也常捲入各種各樣的事件。小忍者們充滿正義感，面對任何困難都努力解決。《忍者亂太郎》是一部日本的動畫影集，改編自尼子騷兵衛原作的漫畫《落第忍者亂太郎》。